Розмножити деревоподібну півонію насінням можна, але це довгий і складний спосіб, використовується в основному для отримання нових сортів. Чим свіжішим буде посадковий матеріал, тим краще. Збирають насіння приблизно через місяць після цвітіння, коли насіннєві коробочки засохнуть і будуть готові розкритися.
Їх укладають у контейнер із вологим піском і тримають при температурі приблизно 30 °С удень, 15 °С уночі. Через місяць насіння проросте. Після цього його висаджують у посудину з поживним ґрунтом і переносять у холодні умови – не вище 10 °С. На початку осені з'являться перші листочки. Тоді паростки переносять до саду та висаджують на постійне місце.
Можна посіяти деревоподібні півонії відразу до відкритого ґрунту. Деякі паростки з'являться вже восени, деякі – навесні, але багато не зійде ніколи. Зацвітуть півонії, посаджені насінням, через 4-6 років.